این کتاب دربرگیرنده مباحث متعددی همچون مباحث خُرد و جزئی بوده، ولی بی شک یکی از مهم ترین مباحث کلان این حوزه این است که موضع گیری حقوق اسلامی در قبال تفکیک میان امور مدنی و کیفری چیست و آیا می توان این تفکیک را پذیرفت؟ یکی از آثار مترتب بر این تفکیک را این گونه می توان مطرح کرد که نظام حاکم بر ادله اثبات جرم در نظام حقوقی چیست؟ سیستم ادله قانونی، سیستم ادله معنوی یا سیستم مختلط؟ در جهت تفکیک میان ادله اثبات دعوی کیفری و مدنی، باید از تک تک ادله نیز بحث کرد؛ بدین معنا که مثلا اقرار در امور کیفری چه تفاوت هایی با اقرار در امور مدنی دارد؟ بر این اساس کتاب ادله اثبات کیفری در سه فصل سامان یافته است: در ابتدا مشروعیت یا عدم مشروعیت تفکیک میان امور کیفری و مدنی بیان می شود؛ سپس نظام حاکم بر ادله اثبات جرم و موضع نظام حقوق کیفری اسلام و ایران بررسی می شود و پس از آن ادله اثبات دعوی کیفری و مدنی و به تعبیردیگر واگرایی ادله اثبات دعوی کیفری و مدنی، ارزیابی می شود.