رمان جنایی «امارت شر»، قصه یک سرزمین ساختگی است با پایتختی با عنوان «ایالت نیروان» که اداره مرکزی پلیس آنجا قرار دارد. شخصیت اصلی داستان هم یکی از مأموران ویژه همین اداره به نام «شمس رودکناری» است که درگیر یک پرونده قاچاق مواد مخدر شده است. در عین حال به صورت موازی یکسری قتل های زنجیره ای در ایالتی در شمال غرب این کشور که محل زندگی جماعت صوفی است، رخ می دهد. این دو قصه یعنی قاچاق مواد مخدر و قتل های زنجیره ای با هم پیوند می خورند. قتل ها رفته رفته اوضاع مملکت را آشوب می کنند و… .