توفان سال موش، با ورود معماران و ماشین های بتن ساز و… به روستای خیالی به نام ملکان آغاز می شود و روند شهر شدت آن روستا را شرح می دهد. قهرمانان رمان، ابراهیم پری افسا نام دارد؛ روشنفکری که سال ها پیش از شهر شدن ملکان، در آنجا سکنی گزیده و وقتی روستا محو می شود و شهر بر می آید، به اولین ناراضی و اولین زندانی شهر تبدیل می شود.