نگارنده در مجلد دوم از این مجموعه کوشیده، تحلیلی از آثار روشنفکران در باب دین و اصلاح دینی به دست دهد. بر این اساس کتاب حاضر در چهار بخش و ذیل این عناوین تدوین یافته است: زمینه های تجدد و دین زدایی در ایران و نخستین متفکران جدید ایران، تجدد و اصلاح دین در اندیشه ی سیدجمال الدین اسدآبادی، تجدد و دین زدایی در اندیشه های میرزا ملکم خان ناظم الدوله و میرزا عبدالرحیم طالبوف، و تجدد و دین زدایی در اندیشه های میرزاآقاخان کرمانی و میرزا یوسف خان مستشارالدوله. نویسنده برای نمونه در آغاز کتاب، خاطرنشان می سازد: “… در درون مسیحیت، دو جریان عمده ی کاتولیک وابسته به کلیسای رسمی مسیحیت غرب جهان مسیحیت و پروتستان که به انتقاد از مبادی خبری کلیسای کاتولیک می پرداختند، طریقت اومانیسم و مدرنیسم را با مسیحیت، جمع می کردند. بدین معنی که در قبال مسیحیت مدرن پروتستانی که با نهضت اصلاح دینی، نضج گرفت، کاتولیسیسم نیز بعد از شورای “ترنت” با نهضت ضد اصلاح دینی به تجدید و بازسازی و نوسازی ارکان و مبادی تفکر سنتی خود متوجه گردید و الهیات عقلی خود را از “تومیسم” به “نئوتومیسم” انتقال داد. با این اوصاف، دین در چهار حوزه ی الهیات طبیعی (دئیسم)، فلسفه ی الحادی (آتئیسم)، پروتستانتیسم و کاتولیسیسم به مدرنیسم روی آورد تا با تمدن و شئون فرهنگی جدید مناسب و مطابق گردد و عمری شود”.